题目

用qRT-PCR测某转录因子的mRNA,该蛋白具有三种不同亚型,引物要如何设计
我要测某转录因子Sc,S有三个亚型abc,但一般报道里见ac较多.NCBI上只找的到同属种的1和2变体,不知道是该用其中一个来设计引物呢,还是要拿共同区段来设计引物.
网上说ac的区别在于翻译的起始位点不同.
另外,如果序列相同,但是蛋白空间结构不同的话,qRT-PCR能测出不同的亚型吗?

提问时间：2021-04-17

答案

这个我和很久以前的一个课题很接近啊.
首先,你要很明确你用来做实验的细胞这三种亚型都有充分的表达,或者某种细胞系,某种亚型的表达高.
然后,如果只是翻译位点不同的话,那就和PCR无关了,应该改用western,可以测到不同的蛋白（一大一小）.你这么会想到要用PCR来区分这个呢,基础知识实在太差了.