题目

1%琼脂糖电泳后,为什么看不到我的目的条带?
我的目的条带是177bp,从质粒中双酶切后跑电泳,几乎看不到我的目的条带,是不是因为目的条带比较小,跑的比较前面,本身就容易变得模糊,亮度减弱的?双酶切是20ul体系,点样时用了8ul.酶切后电泳,大的条带比较清晰,我的目的条带177bp的几乎看不见,不知是什么原因,
当然加了MARKER了。还没跑出去呢~不过谢谢回答

提问时间：2021-01-18

答案

条带短,能结合的EB（或其他染料）就少,所以相对长片段亮度就很弱,一般小于500就很难看清.
解决方案,基本上楼上的都提到了：
1.提高琼脂糖凝胶浓度到2%-3%
2.跑个单酶切对照,有差异就表示有连接进去.不过如果是要回收目的片段,建议还是用载体上的序列PCR扩增,而且回收小于400bp的DNA不太容易呵